Het prutmarathonparcours ligt achter de sportvelden van Sporting S, in de Mijser polder. Het is ongeveer 1000 meter lang en er moeten per ronde ongeveer 20 sloten 'genomen' worden. Het aantal meters en sloten kan per jaar verschillen. Dit heeft te maken met de gesteldheid van de walkanten. Ook het weer kan er invloed op uitoefenen. Zaterdag voor het evenement wordt het parcours uitgezet. In de tweede sloot ligt altijd een kunststof buis als extra barrière. De deelnemers dienen hier overheen te gaan en niet er onderdoor. De deelnemers lopen twee of drie ronden (afhankelijk van de manche). De start en finish is op het centrale veld waarop ook het publiek zich bevindt (gemiddeld 1250 bezoekers per prutmarathon). Een snackkar staat gereed voor de catering. Op het terrein staat ook de brandweer om de deelnemers na afloop te ontdoen van de ergste prut. Hierna kunnen de helden van de bagger douchen in de kleedkamers van de sportvereniging. Na afloop vindt de prijsuitreiking plaats bij of in café 's Lands Welvaren.